Par Patrice Bonafonte
Retrouvez la première partie de l’article sur la découverte de Leiopus femoratus : lien
Dans un précédent article (Bonafonte, 2019), nous avons évoqué la découverte de Leiopus femoratus en France, depuis le premier individu récolté jusqu’à la publication de cette découverte en 1999 (Berger, 1999).
Mais l’histoire ne s’arrête pas là, bien au contraire. Il a fallu ensuite que ces informations circulent : au niveau local, mettre à jour la liste des longicornes de l’Isère, au niveau régional, mettre à jour celle de Rhône-Alpes et, au-fur-et-à-mesure que l’information circulait, mettre à jour la liste des longicornes régionaux en fonction de la recherche de cette espèce dans les collections et en fonction des captures. Il a fallu ensuite consolider sa présence au niveau national. Et bien que Leiopus femoratus ne soit pas une espèce nouvelle pour la science, il a néanmoins fallu mettre à jour sa répartition aux niveaux européen et mondial.
Mais ces mises à jour ne peuvent pas se faire au hasard. Les nouvelles découvertes (dans les collections ou par des captures) doivent être validées par des experts, d’autant plus que la confusion entre Leiopus femoratus, Leiopus nebulosus et Leiopus linnei est extrêmement facile à faire.
Il a donc fallu un certain temps et même un temps certain pour que ces mises à jour se fassent et apparaissent petit à petit dans les catalogues et les atlas.
Le fondement de l’information en entomologie est en effet constitué par des catalogues ou des atlas qui sont des guides pour appréhender la diversité du vivant. Ils résument les travaux qui, en systématique et taxonomie, permettent d’évaluer la biodiversité des insectes et leur classification. Ils procurent les informations qui permettent d’en retracer l’historique. Outils indispensables de transmission dans un langage universel dénué d’ambiguïté de l’information taxonomique, le catalogue est un outil pratique pour tout entomologiste, ici dans son travail de détermination des Cerambycidae, pour consulter le nom valide d’une espèce, vérifier sa répartition, sa biologie, et connaître les travaux qui la concernent. Un catalogue est, à notre époque, la concrétisation matérielle d’une ou de plusieurs base(s) de données.
Nous allons suivre l’histoire de la mise à jour des informations sur Leiopus femoratus dans les catalogues et les bases de données de 1999 à nos jours à travers quelques exemples, loin d’être exhaustifs, mais néanmoins significatifs (figure 1).
Les Référentiels
Ce sont l’ensemble des données de terrain ou de collections qui alimentent les bases de données. Ce peut être un article spécifique concernant une capture, une mise à jour de la liste des Cerambycidae d’une région (Callot, 2003 – Claude, 2004 – Allemand, 2009 par exemple) ou une monographie comme l’ouvrage de Berger (2012) qui compile tous ces éléments.
Nous allons utiliser deux exemples de référentiels :
- Coléoptères Cerambycidae de Rhônes-Alpes – 2009
Cet inventaire, établi à partir de près de 32 500 données, résulte de l’analyse de 65 000 spécimens conservés dans les collections, privées ou institutionnelles, constituées par de nombreux entomologistes depuis plus de 150 ans. La faune de la région Rhône-Alpes compte 211 espèces de Cérambycides dont une dizaine qui n’ont pas été observées depuis plusieurs décennies.
Comme on peut le voir sur la figure 2, malgré un long texte, il s’avère que l’on ne sait pas grand’chose sur Leiopus femoratus, même après 10 ans ! Et il y a très peu de données en dehors de la zone de découverte originale : seules deux localisations sont citées de Rhône-Alpes.
- Coléoptères Cerambycidae de la faune de France continentale et de Corse – 2012
A l’issue de plus de dix années de travail et de recherches, avec la collaboration de plus de 150 entomologistes, 252 espèces de longicornes sont passées en revue. Des espèces nouvellement décrites et anciennement confondues sont venues s’ajouter à l’inventaire, également enrichi d’espèces invasives qui se sont acclimatées ou sont en cours d’établissement en France (figure 3).
La liste des localisations de Leiopus femoratus s’est étoffée avec plus de 70 citations (vérifiées) concernant 26 départements, allant du Nord à l’Aude, la plus ancienne citation datant de 1958 (Leseigneur leg.).
Toutes ces données ont été utilisées pour alimenter la base de données nationale TAXREF.
La base de données TAXREF
TAXREF est le référentiel taxonomique national pour la faune, la flore et la fonge de France métropolitaine et d’outre-mer, élaboré et diffusé par le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) dans le cadre de la mise en œuvre du Système d’Information sur la Nature et les Paysages (SINP). Ce référentiel est unique pour la France : il a pour but de lister et d’organiser les noms scientifiques de l’ensemble des êtres vivants recensés sur le territoire
Les objectifs d’un référentiel taxonomique sont de :
- Donner un nom scientifique unique non ambigu pour chacune des espèces de France (métropole et outre-mer), qui soit consensuel aux niveaux national et international
- Permettre une interopérabilité entre les jeux et bases de données
- Gérer les évolutions taxonomiques et nomenclaturales dans les données concernant ces espèces (gestion de la synonymie et de la hiérarchie taxonomique)
TAXREF est une pièce essentielle du dispositif d’information sur la nature en France, qui permet de communiquer tant au niveau des personnes que des ordinateurs grâce à l’utilisation de normes communes de références. Il permet la communication entre taxonomistes et utilisateurs de noms d’espèces (gestionnaires de données naturalistes, gestionnaires d’espaces naturels, écologues, généticiens, muséologues, enseignants et législateurs) et rend les bases de données interopérables.
Dans la mesure où Leiopus femoratus était une espèce nouvelle pour la faune de France, il a fallu ajouter un nouveau taxon à la base et y adjoindre toutes les données issues des référentiels (localisations, plantes-hôtes, dates, etc) (Flèche 1 de la figure 1).
L’entrée Leiopus femoratus dans TAXREF ressemble à ceci (figure 4) :
Noter que l’espèce est considéré comme cryptogène, c’est à dire que l’aire d’origine du taxon est inconnue et on ne peut donc pas dire s’il est indigène ou introduit.
La base de données européennes Faune Europaea
Fauna Europaea est la principale base de données taxonomiques zoologiques d’Europe. Les noms et distributions scientifiques de toutes les espèces animales vivantes actuellement connues, multicellulaires, terrestres et d’eau douce européennes sont disponibles dans une seule base de données faisant autorité. Fauna Europaea offre des informations clés sur:
- Index taxonomique des espèces terrestres et d’eau douce européennes
- Informations sur la répartition géographique de nombreuses espèces
- Base de données sur les experts taxonomiques en Europe
- Références sur la littérature sur la taxonomie et la distribution des espèces européennes
- Un arbre de taxons navigable
Fauna Europaea a débuté en 2000 en tant que projet FP5 financé par la Commission Européenne et fournit une référence à de nombreux utilisateurs tels que les scientifiques, les gouvernements, les industries, les communautés de conservation de la nature et les programmes éducatifs.
Cette base a été formellement acceptée comme norme INSPIRE (Infrastrusture for Spatial Information in Europe) pour l’Europe (Directive élaborée par par la Direction Générale de l’Environnement de la Commission Européenne), dans le cadre de colonne vertébrale taxonomique européenne établie dans PESI (Pan-European Species directories Infrastructure). Aujourd’hui, elle est hébergée par le Museum für Naturkunde de Berlin.
Leiopus femoratus était déjà présent dans Fauna Europaea avant sa découverte en France, Mais il a néanmoins fallu mettre à jour les données pour y intégrer, entre autres, toutes les données françaises. Flèche 2 de la figure 1.
L’entrée Leiopus femoratus dans Fauna Europaea ressemble à ceci (partie distribution) (figure 5) :
La base de donnée mondiale GBIF
Le GBIF pour Global Biodiversity Information Facility (en français « Système mondial d’informations sur la biodiversité ») est un projet scientifique international, fondé en forme de consortium par l’OCDE en 2001, et qui a pour but de mettre à disposition toute l’information connue sur la biodiversité (données d’observations ou de collections sur les animaux, plantes, champignons, bactéries et archaea).
Les décisions prises lors de la Conférence Mondiale sur la Biodiversité (Nagoya (lien), 2010) devaient conduire à accélérer le développement du GBIF. Le portail de données international du GBIF a été mis en place en 2013. Il constitue aussi une plate-forme numérique ouverte dans une perspective de gestion de grandes quantités de données (big data), de recherche et sélection de données (data mining) dans une volonté de partage et d’ouverture (open data); il donne accès en ligne à près d’un milliard d’observations de plus de 1,5 million d’espèces.
De la même manière, Leiopus femoratus était déjà présent dans le GBIF avant sa découverte en France, Mais il a néanmoins fallu mettre à jour les données pour y intégrer, entre autres, toutes les autres données européennes, non seulement françaises, mais aussi belges, suisses, etc. (Flèche 2 de la figure 1).
L’entrée Leiopus femoratus dans GBIF ressemble à ceci (partie distribution) (figure 6) :
La base de données mondiale spécifique des Cerambycidae : Titan
La base de données Titan sur les Cerambycidae ou Longicornes mondiaux est mise régulièrement à jour par Gérard Tavakilian et Hervé Chevillotte, contient plus de 99% des espèces et sous-espèces de Cerambycidae valides décrites à ce jour.
Une liste des taxons actualisée est reliée à leurs principales citations ainsi que les informations concernant les périodes de vol, leurs plantes nourricières, leurs parasites, phorétiques, prédateurs, mimétiques.
Cette base peut-être consultée de plusieurs manières :
- Taxons qui offre une consultation par tribu, genre, nom vernaculaire ou nom valide de l’espèce ainsi que leurs synonymes de description ou d’écriture
- Types qui donne la liste des types avec les références bibliographique
- Bibliographie qui permet une recherche par nom d’auteur, date ou référence bibliographique
- Pays qui fournit une liste des espèces par pays
- Relations qui contient une consultation des espèces en relation avec les plantes, prédateurs, parasites, mimétiques ou phorétiques.
La base Titan est exhaustive pour le continent américain dans sa totalité et en cours de complétude pour le reste de la planète. A la différence de toutes les bases pré-existantes, nous sommes renseignés sur l’institution qui abrite le matériel typique ayant servi à la description, ainsi que la référence de la publication originale et le basionyme complet (nom sous lequel l’espèce a été décrite).
Les espèces-types de genre sont indiquées sauf dans le cas où ceux-ci n’ont jamais été désignés.
En ce qui concerne les références bibliographiques, le lien direct avec le site internet est parfois mentionné ainsi que le titre complet de l’ouvrage. Sont indiqués dans la mesure du possible : la distribution géographique, les plantes nourricières, les fleurs fréquentées (nom scientifique botanique complet avec la famille), leurs parasites, leurs prédateurs, leurs mimétiques, ainsi que leurs noms vernaculaires en plusieurs langues pour les espèces nuisibles, patrimoniales ou très répandues.
Le site est hébergé par le GBIF France.
La base Titan contient 38 199 espèces (à comparer avec les 246 espèces françaises métropolitaines), 18 495 références bibliographiques et 52 009 types.
De la même manière, Leiopus femoratus était déjà présent dans Titan avant sa découverte en France, Mais il a néanmoins fallu mettre à jour les données pour y intégrer, entre autres, toutes les autres données européennes, non seulement françaises, mais aussi belges, suisses, etc (figure 7).
Les listes de référence
Toutes les bases de données, mondiales, européennes, nationale, après consolidation et validation par les experts (citons ici Gianfranco Sama, expert mondial, pour les Cerambycidae) sont censées être totalement en phase. On peut alors les utiliser pour générer des catalogues ou des atlas, comme par exemple les deux ouvrages cités ci-après. (Flèches 3 et 4 de la figure 1).
- Catalogue des Coléoptères de France – 2014
Ce catalogue fait suite au Catalogue raisonné des Coléoptères de France publié de 1935 à 1938 par Jean SAINTE-CLAIRE DEVILLE (1870-1932). Il a été coordonné par Marc Tronquet (2014), décédé en 2020, et publié en 2014 sous l’égide de l’Association Roussillonnaise d’Entomologie (A.R.E.). Parmi les 54 auteurs qui ont contribué à la réalisation de ce catalogue, citons Pierre BERGER, spécialiste des Cerambycidae, qui liste 261 espèces de Cerambycidae dont 3 douteuses (présence à confirmer) (figure 8).
La notice sur Leiopus femoratus est relativement succincte : Genre Leiopus Audinet-Serville, 1835a : 86 (SCD : 338) – femoratus Fairmaire, 1859a : 62. — Un peu partout en Fr. Eur. mérid. et cent., Turquie, Nord de l’Iran. Biologie de la larve mal connue, probablement semblable à celle de nebulosus.
- Atlas préliminaire des Longicornes de France – 2019
L’atlas est fondé sur la compilation et la synthèse de 137 000 données partagées dans l’inventaire national du patrimoine naturel (INPN-SINP), issues de 395 jeux de données et des citations d’environ 3 500 observateurs. Après validation des données et suppression des doublons, 102 300 données ont servi à établir les cartes de distribution par maille 10 x 10 km et les histogrammes de saisonnalité par décade pour les 81 Cerambycinae, 83 Lamiinae, 63 Lepturinae, 2 Necydalinae, 5 Prioninae, 12 Spondylidinae et 4 Vesperidae de la faune de France, soit 250 espèces (figure 8).
On voit que par rapport à l’ouvrage sur les Cerambycides de Rhône-Alpes de 2009, dix ans après, on reste encore dans le vague en ce qui concerne Leiopus femoratus. Dans la première partie de l’article, je disais « Ce petit feuilleton aura donc duré treize ans !!! ». En définitive, il dure maintenant depuis 26 ans et n’est probablement pas terminé. Alors, qui se lance pour une révision du genre Leiopus ?
Conclusion
Lors de la capture (ou de l’observation si la détermination est certaine) d’un insecte, il faut toujours remonter l’information : la localisation précise et au pire une bonne photo. Cette information peut être remontée via une publication, ou mieux via un signalement à l’INPN par l’intermédiaire de INPN Espèces pour le grand public (https://determinobs.fr), soit par l’intermédiaire de CardObs (https://cardobs.mnhn.fr) pour les experts.
L’on peut également solliciter l’avis d’amateurs éclairés sur le forum du Monde des Insectes (https://www.insecte.org/forum/) si l’on a des doutes sur la détermination. Les données sont automatiquement remontées vers l’INPN après validation puis intégrées à TAXREF après consolidation.
Bibliographie
- Allemand R. et al. (2009) : Coléoptères de Rhône-Alpes, Cérambycides, Musée des Confluences, Lyon, 352p.
- Berger P. (1999) : Une espèce nouvelle pour la faune de France Leiopus femoratus Fairmaire 1859 (Coleoptera, Cerambycidae). Biocosme mésogéen, 15(3) : 229-235.
- Berger P. (2012) : Coléoptères Cerambycidae de la faune de France continentale et de Corse. Actualisation de l’ouvrage d’André Villiers, 1978. Association Roussillonnaise d’Entomologie, Perpignan, 664p.
- Bonafonte P. (2019) : Petite histoire d’une découverte : Leiopus femoratus en France (Coleoptera, Cerambycidae). Passion Entomologie (https://passion-entomologie.fr/decouverte-leiopus-femoratus/)
- Callot H. (2003) : Quelques coléoptères nouveaux pour la faune d’Alsace. Rabocerus gabrieli Gerh. (Salpingidae), Athous difformis Boisd. et Lac. (Elateridae), Epuraea ocularis Fairm. (Nitidulidae) et Leiopus femoratus Fairm. (Cerambycidae). Bulletin de la Société Entomologique de Mulhouse 59 (3): 52-54.
- Claude J-F. (2004) : 6e addition au Catalogue de 1928 des Coléoptères de la Sarthe d’Eugène Monguillon à son supplément de 1936 et additions ultérieures… [Cerambycidae]. L’Entomologiste, Paris 60 (4): 193-194.
- Gargominy, O., Tercerie, S., Régnier, C., Ramage, T., Dupont, P., Daszkiewicz, P. & Poncet, L. (2020) : TAXREF v14, référentiel taxonomique pour la France : méthodologie, mise en oeuvre et diffusion. Muséum national d’Histoire naturelle, Paris. Rapport Patrinat. 63 pp.
- Tronquet M. et al. (2014) : Catalogue des Coléoptères de France. Ouvrage collectif. Association Roussillonnaise d’Entomologie, Perpignan, 1052p.
- Touroult J., Bouyon H., Hanot C., Horellou A. & Brustel H. (2019) : Longicornes de France – Atlas préliminaire (Coleoptera : Cerambycidae & Vesperidae). Supplément au bulletin d’ACOREP-France, Paris, 176p.
Leiopus femoratus dans les bases de données
Base nationale française TAXREF :
https://inpn.mnhn.fr/espece/cd_nom/223076
Base européenne Fauna Europaea :
https://fauna-eu.org/cdm_dataportal/taxon/2955d049-7828-40d4-90de-9ef0679b5fbb
Base mondiale GBIF (Global Biodiversity Information Facility) : https://www.gbif.org/species/search?q=Leiopus%20femoratus
Base mondiale Titan spécifique aux Cerambycidae :
http://titan.gbif.fr/sel_genann1.php?numero=10463
